Ιδρυματικό Αποθετήριο [SANDBOX]
Πολυτεχνείο Κρήτης
EN  |  EL

Αναζήτηση

Πλοήγηση

Ο Χώρος μου

Exploring modern FPGA platforms for faster phylogeny reconstruction with RAxML

Malakonakis Pavlos, Brokalakis Andreas, Alachiotis Nikolaos, Sotiriadis Evripidis, Dollas Apostolos

Απλή Εγγραφή


URIhttp://purl.tuc.gr/dl/dias/0FD55AC1-C9E0-4548-AC2A-7DBE50C763CC-
Αναγνωριστικόhttps://doi.org/10.1109/BIBE50027.2020.00024-
Αναγνωριστικόhttps://ieeexplore.ieee.org/document/9288011-
Γλώσσαen-
Μέγεθος8 pagesen
ΤίτλοςExploring modern FPGA platforms for faster phylogeny reconstruction with RAxMLen
ΔημιουργόςMalakonakis Pavlosen
ΔημιουργόςΜαλακωνακης Παυλοςel
ΔημιουργόςBrokalakis Andreasen
ΔημιουργόςΜπροκαλακης Ανδρεαςel
ΔημιουργόςAlachiotis Nikolaosen
ΔημιουργόςΑλαχιωτης Νικολαοςel
ΔημιουργόςSotiriadis Evripidisen
ΔημιουργόςΣωτηριαδης Ευριπιδηςel
ΔημιουργόςDollas Apostolosen
ΔημιουργόςΔολλας Αποστολοςel
ΕκδότηςInstitute of Electrical and Electronics Engineersen
ΠερίληψηThe Phylogenetic Likelihood Function (PLF) is one of the cornerstone functions in most phylogenetic inference tools; its execution represents the majority of time required to complete an analysis. This work proposes the acceleration of this function using reconfigurable hardware accelerators, focusing on system-on-chips that integrate Field Programmable Gate Array (FPGA) resources as well as traditional High Performance Computing (HPC) systems that use FPGA-based accelerator cards. Taking into account the specific properties of each platform in order to exploit their processing capabilities, the proposed solutions provide significant performance gains. The measured acceleration of PLF function is up to 8x while the overall time to complete a phylogenetic analysis using the popular RAxML software can be reduced up to 3.2 times (with respect to a pure software implementation on a high-end server processor). Compared to other similar solutions proposed in literature, our systems perform up to 65% faster.en
ΤύποςΔημοσίευση σε Συνέδριοel
ΤύποςConference Publicationen
Άδεια Χρήσηςhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/en
Ημερομηνία2022-01-07-
Ημερομηνία Δημοσίευσης2020-
Θεματική ΚατηγορίαPhylogenetic inferenceen
Θεματική ΚατηγορίαPhylogenetic treeen
Θεματική ΚατηγορίαRAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood)en
Θεματική ΚατηγορίαPLF (Phylogenetic Likelihood Function) en
Θεματική ΚατηγορίαPhylogenetic likelihooden
Θεματική ΚατηγορίαFPGA (Field Programmable Gate Array)en
Θεματική ΚατηγορίαReconfigurable hardwareen
Θεματική ΚατηγορίαAmazon AWS F1en
Βιβλιογραφική ΑναφοράP. Malakonakis, A. Brokalakis, N. Alachiotis, E. Sotiriades and A. Dollas, "Exploring modern FPGA platforms for faster phylogeny reconstruction with RAxML," in BIBE 2020, pp. 97-104, doi: 10.1109/BIBE50027.2020.00024en

Υπηρεσίες

Στατιστικά