Η παρούσα διπλωματική εργασία αναπτύχθηκε με στόχο την μελέτη και ανάπτυξη συστήματος αυτομάτου ελέγχου για στοίβα κυψέλης καυσίμου η οποία τοποθετήθηκε στο υδρογονοκίνητο όχημα της ομάδας TUCer του Πολυτεχνείου Κρήτης. Στην εργασία αρχικά γίνεται μια γενική περιγραφή των κυψελών καυσίμου για τα στάδια από την πρώτη κυψέλη καυσίμου έως σήμερα. Ακόμη παρουσιάζονται τα διαφορετικά είδη κυψελών που υπάρχουν δείχνοντας βασικά στοιχεία του κάθε είδους με στόχο την κατανόηση των δομικών μερώναλλά και του τρόπου λειτουργίας των κυψελών για την καλύτερη κατανόηση της διπλωματικής εργασίας. Στη συνέχεια γίνεται αναφορά στο σύστημα της εφαρμογής και ξεκινά η επεξήγηση του θεωρητικού (θερμικού και ηλεκτρικού) μοντέλου που περιγράφει την συμπεριφορά μίας κυψέλης καυσίμου PEM.΄Επειτα γίνεται περιγραφή της ολοκλήρωσης του μοντέλου στο πρόγραμμα Simulink από το οποίο εξήχθησαν τα πρώτα θεωρητικά αποτελέσματα και συμπεράσματα για τον τρόπο λειτουργίας της κυψέλης καυσίμου αλλά και για την επιλογή εξαρτημάτων για την καλύτερη και αποδοτικότερη λειτουργία της κυψέλης καυσίμου. Ακόμη γίνεται μια πρώτη προσομοίωση του συνολικού συστήματος. Στη συνέχεια γίνεται παρουσίαση των υπο-συστημάτων που πλαισιώνουν την κυψέλη καυσίμου αλλά και επεξήγηση των εξαρτημάτων που χρησιμοποιήθηκαν και πλαισιώνουν το συνολικό σύστημα της κυψέλης καυσίμου. Γίνεται επεξήγηση της λειτουργίας της κυψέλης καυσίμου καθώς και του συστήματος ελέγχου που αναπτύχθηκε για τον έλεγχο και τη λειτουργία της κυψέλης καυσίμου. Τέλος παρουσιάζονται γραφήματα από τα οποία εξάγονται χρήσιμα συμπεράσματα για τη λειτουργία της κυψέλης καυσίμου καθ΄ όλη τη διάρκεια των ρυθμίσεων, καθώςκαι γραφήματα με την επεξήγηση του βαθμού απόδοσης της κυψέλης καυσίμου στα διάφορα στάδια λειτουργίας της.