Ιδρυματικό Αποθετήριο [SANDBOX]
Πολυτεχνείο Κρήτης
EN  |  EL

Αναζήτηση

Πλοήγηση

Ο Χώρος μου

Επιτάχυνση συμπίεσης δεδομένων για τη φυλογενετική συνάρτηση πιθανοφάνειας με χρήση τεχνολογίας FPGA

Koutroulakis Efstratios

Απλή Εγγραφή


URIhttp://purl.tuc.gr/dl/dias/0B3A5726-EAB9-43C3-94F1-A7610BACD3ED-
Αναγνωριστικόhttps://doi.org/10.26233/heallink.tuc.88974-
Γλώσσαel-
Μέγεθος110 σελίδεςel
Μέγεθος7 megabytesen
ΤίτλοςAcceleration of data compression for the phylogenetic likelihood function using FPGA technologyen
ΤίτλοςΕπιτάχυνση συμπίεσης δεδομένων για τη φυλογενετική συνάρτηση πιθανοφάνειας με χρήση τεχνολογίας FPGAel
ΔημιουργόςKoutroulakis Efstratiosen
ΔημιουργόςΚουτρουλακης Ευστρατιοςel
Συντελεστής [Επιβλέπων Καθηγητής]Dollas Apostolosen
Συντελεστής [Επιβλέπων Καθηγητής]Δολλας Αποστολοςel
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Zervakis Michailen
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Ζερβακης Μιχαηλel
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Alachiotis Nikolaosen
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Αλαχιωτης Νικολαοςel
ΕκδότηςΠολυτεχνείο Κρήτηςel
ΕκδότηςTechnical University of Creteen
Ακαδημαϊκή ΜονάδαTechnical University of Crete::School of Electrical and Computer Engineeringen
Ακαδημαϊκή ΜονάδαΠολυτεχνείο Κρήτης::Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστώνel
ΠερίληψηΗ ανάγκη του ανθρώπου να απαντήσει σε ερωτήματα για το πως κληρονομούνται τα διάφορα χαρακτηριστικά στους οργανισμούς, με ποιο τρόπο δημιουργείται η ποικιλομορφία που υπάρχει στη φύση, να ταξινομήσει τα διάφορα είδη με βάση κάποια κοινά χαρακτηριστικά κ.α. οδήγησαν στην ανάπτυξη του κλάδου της βιολογίας που ασχολείται με την εξέλιξη και τους μηχανισμούς της. Η μελέτη των μοριακών δεδομένων οδήγησε στην πιθανοτική εξέταση της εξέλιξης τους στο χρόνο όπως η μετάλλαξη κάποιας αλληλουχίαςDNAσε κάποια άλλη. Με αυτό το τρόπο παράγουμε υποθέσεις για τη πορεία της εξέλιξης των διαφορετικών οργανισμών με συγκεκριμένη πιθανότητα. Τα τελευταία χρόνια η εξέλιξη βιολογικών εργαστηριακών μεθόδων έχει οδηγήσει σε ραγδαία αύξηση των δεδομένων από μοριακές ακολουθίες. Το γεγονός αυτό αυξάνει τα διαθέσιμα δεδομένα που μπορούμε να επεξεργαστούμε για να βγάλουμε χρήσιμα συμπεράσματα. Ταυτόχρονα με τις δυνατότητες που ανοίγει η όλο και μεγαλύτερη συσσώρευση μοριακών δεδομένων δημιουργεί και μεγαλύτερες απαιτήσεις μνήμης για την επεξεργασία τους. Η εργασία εστιάζει στο πρόβλημα του μεγαλύτερου ρυθμού συσσώρευσης μοριακών δεδομένων προς επεξεργασία σε σχέση με το ρυθμό αύξησης της διαθέσιμης ποσότητας μνήμης. Μελετά τον υπολογισμό της συνάρτησης φυλογενετικής πιθανοφάνειας(Phylogenetic Likelihood Function-PLF),η οποία βασίζεται στο κριτήριο της μέγιστης πιθανοφάνειας. Με σκοπό τη μείωση των απαιτήσεων μνήμης σχεδιάζει κατάλληλο λογισμικό το οποίο διαχειρίζεται τους επανυπολογισμούς δεδομένων που απαιτούνται λόγω της αποθήκευσης ενός μόνο μέρους των δεδομένων στη μνήμη. Ακόμα σχεδιάζεται κατάλληλος επιταχυντής για την εκτέλεση των υπολογισμών μιας κλήσης της συνάρτησηςPLF. Για την υλοποίηση του επιταχυντή χρησιμοποιείται σαν αλγόριθμος αναφοράς ο αλγόριθμος που υλοποιείτο πρόγραμμα φυλογενετικών αναλύσεωνRAxMLενώ υλοποιείται και ένας επιπλέον επιταχυντής με δενδρική δομή βάθους μεγαλύτερη του ενός με σκοπό τη συμπίεση των δεδομένων που αποθηκεύονται στη μνήμη. Οι επιταχυντές είναι υλοποιημένοι σε αναδιατασσόμενη λογική(Field Programmable GateArray-FPGA).el
ΤύποςΔιπλωματική Εργασίαel
ΤύποςDiploma Worken
Άδεια Χρήσηςhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/en
Ημερομηνία2021-04-21-
Ημερομηνία Δημοσίευσης2021-
Θεματική ΚατηγορίαPhylogenetic Analysisen
Θεματική ΚατηγορίαRAxMLen
Θεματική ΚατηγορίαAcceleratoren
Θεματική ΚατηγορίαFPGAen
Θεματική ΚατηγορίαPhylogenetic likelihood functionen
Θεματική ΚατηγορίαTime-memory trade-offen
Βιβλιογραφική ΑναφοράΕυστράτιος Κουτρουλάκης, "Επιτάχυνση συμπίεσης δεδομένων για τη φυλογενετική συνάρτηση πιθανοφάνειας με χρήση τεχνολογίας FPGA", Διπλωματική Εργασία, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης, Χανιά, Ελλάς, 2021el
Βιβλιογραφική ΑναφοράEfstratios Koutroulakis, "Acceleration of data compression for the phylogenetic likelihood function using FPGA technology", Diploma Work, School of Electrical and Computer Engineering, Technical University of Crete, Chania, Greece, 2021en

Διαθέσιμα αρχεία

Υπηρεσίες

Στατιστικά