Institutional Repository [SANDBOX]
Technical University of Crete
EN  |  EL

Search

Browse

My Space

Acceleration of the phylogenetic likelihood function using HLS on disaggregated FPGA platforms

Souflakis Emmanouil

Simple record

URIhttp://purl.tuc.gr/dl/dias/76BB943F-439E-4F0E-B918-4B961F27353A-
Identifierhttps://doi.org/10.26233/heallink.tuc.86571-
Languageel-
Extent85 σελίδεςel
Extent4.3 megabytesen
TitleΕπιτάχυνση της συνάρτησης φυλογενετικής πιθανοφάνειας με χρήση High Level Synthesis(HLS) σε απομακρυσμένες πλατφόρμες αναδιατασσόμενης λογικής(FPGA) el
TitleAcceleration of the phylogenetic likelihood function using HLS on disaggregated FPGA platformsen
CreatorSouflakis Emmanouilen
CreatorΣουφλακης Εμμανουηλel
Contributor [Thesis Supervisor]Dollas Apostolosen
Contributor [Thesis Supervisor]Δολλας Αποστολοςel
Contributor [Committee Member]Zervakis Michailen
Contributor [Committee Member]Ζερβακης Μιχαηλel
Contributor [Committee Member]Αλαχιώτης Νικόλαοςel
PublisherΠολυτεχνείο Κρήτηςel
PublisherTechnical University of Creteen
Academic UnitTechnical University of Crete::School of Electrical and Computer Engineeringen
Academic UnitΠολυτεχνείο Κρήτης::Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστώνel
Content SummaryΜια από τις μεγαλύτερες προκλήσεις του 21ου αιώνα αποτελεί η ραγδαία και συνεχόμενη αύξηση των δεδομένων. Πολλοί είναι οι τομείς της επιστήμης που αντιμετωπίζουν προβλήματα στη διαχείριση και επεξεργασία των υπέρογκων δεδομένων, με τη βιολογία να αποτελεί έναν από αυτούς. Αναλυτικότερα, η επεξεργασία φυλογενετικών αναλύσεων DNA είναι μία χρονοβόρα διαδικασία και ο χρόνος που απαιτείται για τη διεκπεραίωσή της είναι ανάλογος του αριθμού των αλληλουχιών DNA-είδη προς μελέτη. Όσο αυξάνονται οι αλληλουχίες DNA, τόσο αυξάνονται και οι υπολογισμοί που απαιτούνται, καθώς και ο χρόνος εκτέλεσης αυτών. Έτσι, οι δυνατότητες της βιολογίας περιορίζονται λόγω έλλειψης υπολογιστικής δύναμης. Ακόμη και με τη χρήση γρήγορων υπολογιστών σύγχρονης τεχνολογίας το πρόβλημα των υπέρογκων υπολογισμών παραμένει, με αποτέλεσμα οι υπάρχουσες πλατφόρμες (π.χ. Personal Computer PC) να κρίνονται ανεπαρκείς ως προς την εξοικονόμηση χρόνου. Στην παρούσα διπλωματική εργασία μελετάται η μέθοδος της μέγιστης πιθανοφάνειας που αποτελεί έναν απ’ τους αλγόριθμους για τη διεκπεραίωση φυλογενετικών αναλύσεων. Συγκεκριμένα, εξετάζεται η συμπεριφορά της μέγιστης πιθανοφάνειας , αρχικά, σε μια πλατφόρμα αναδιατασσόμενης λογικής (FPGA) και στη συνέχεια, σε περισσότερες απομακρυσμένες πλατφόρμες FPGA. Χρησιμοποιώντας τα οφέλη των FPGAs παρουσιάζεται η συμπεριφορά της μεθόδου της μέγιστης πιθανοφάνειας πάνω σε αρχιτεκτονική σχεδίαση ειδικού σκοπού. Έπειτα, πραγματοποιούνται προσεγγίσεις πλατφόρμων βασισμένες σε ένα πρότυπο κέντρου δεδομένων με απομακρυσμένους πόρους και FPGAs. Τέλος, η διπλωματική αυτή μελετά το πώς συμπεριφέρεται η επεκτασιμότητα (scalability) της αύξησης των αποκεντρωμένων FPGAs πάνω σε προσαρμοσμένη αρχιτεκτονική σχεδίαση με σκοπό την επιτάχυνση της μεθόδου της μέγιστης πιθανοφάνειας.el
Type of ItemΔιπλωματική Εργασίαel
Type of ItemDiploma Worken
Licensehttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/en
Date of Item2020-09-01-
Date of Publication2020-
SubjectΑρχιτεκτονική υπολογιστώνel
SubjectΒιολογία, φυλογενετικές αναλύσειςel
Bibliographic CitationΕμμανουήλ Σουφλάκης, "Επιτάχυνση της συνάρτησης φυλογενετικής πιθανοφάνειας με χρήση High Level Synthesis(HLS) σε απομακρυσμένες πλατφόρμες αναδιατασσόμενης λογικής(FPGA)", Διπλωματική Εργασία, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης, Χανιά, Ελλάς, 2020el
Bibliographic CitationEmmanouil Souflakis, "Acceleration of the phylogenetic likelihood function using HLS on disaggregated FPGA platforms", Diploma Work, School of Electrical and Computer Engineering, Technical University of Crete, Chania, Greece, 2020en

Available Files

Services

Statistics

 

Copyright © DIAS 2013