Η ορθολογική διαχείριση των υδατικών πόρων αποτελεί επιτακτική ανάγκη και τα μέτρα που θα πρέπει να ληφθούν απαιτείται να είναι πλήρως εναρμονισμένα με πιθανές επερχόμενες μεταβολές του κλίματος. Η παρούσα μεταπτυχιακή διατριβή είχε ως απώτερο σκοπό την μοντελοποίηση της υπόγειας ροής της ευρύτερης περιοχής της υδρογεωλογικής λεκάνης Κουρταλιώτη καθώς και την εξέταση τεσσάρων υποθετικών κλιματικών σεναρίων για τον έλεγχο της απόκρισης του συστήματος. Η μοντελοποίηση πραγματοποιήθηκε με το πρόγραμμα ArgusONE και το τρισδιάστατο υβριδικό μοντέλο προσομοίωσης υπόγειας ροής PTC. Η περιοχή μελέτης που επιλέχθη βρίσκεται στο κεντρικό-νότιο τμήμα του Νομού Ρεθύμνης, εκτεινόμενη μέχρι τα νότια παράλια. Συγκεκριμένα, καταλαμβάνει έκταση 184km2 και διοικητικά υπάγεται στον Δήμο Αγίου Βασιλείου. Στην υπό μελέτη περιοχή περιλαμβάνεται ένα πολύ μεγάλο τμήμα της υδρογεωλογικής λεκάνης του Κουρταλιώτη, η οποία παρουσιάζει έντονο υδρογεωλογικό ενδιαφέρον. Η πολύπλοκη γεωλογική δομή σε συνδυασμό με την τεκτονική, συνδιαμορφώνουν τις υπάρχουσες υδρογεωλογικές συνθήκες. Τα στοιχεία που παρατίθενται σχετικά με την περιοχή μελέτης αφορούν την γεωλογία, τεκτονική, υδρογεωλογία, τις χρήσεις γης και το δίκτυο Natura 2000 όπου ανήκει. Στο πρώτο μέρος της μεταπτυχιακής διατριβής, παρουσιάζονται οι βασικές αρχές και οι νόμοι της υπόγειας ροής όπως επίσης και οι θεμελιώδεις εξισώσεις για τον μαθηματικό προσδιορισμό της. Αναφορά επίσης γίνεται στην κλιματική αλλαγή και στις συνέπειες που απορρέουν λόγω αυτής με ιδιαίτερη έμφαση στα υπόγεια ύδατα. Ακολουθεί η εισαγωγή και επεξεργασία των δεδομένων στο μοντέλο PTC όπως και η διαδικασία της βαθμονόμησης. Τα αποτελέσματα από την βαθμονόμηση κατέδειξαν πολύ καλή συσχέτιση μεταξύ των τιμών των υδραυλικών υψών του πεδίου και του μοντέλου. Έπειτα, παρουσιάζονται τα αποτελέσματα από την μοντελοποίηση και τα υποθετικά κλιματικά σενάρια για την περιοχή μελέτης. Συμπερασματικά, στα τρία πρώτα σενάρια το σύστημα κατέδειξε χαμηλό βαθμό ευαισθησίας σε αλλαγές των παραμέτρων της βροχόπτωσης, των πλευρικών εισροών και αύξησης των αντλήσεων μέχρις ενός ορίου. Αντίθετα, στο τέταρτο και ακραίο σενάριο μια περαιτέρω αύξηση της παροχής των αντλήσεων σε συνδυασμό με την μείωση των βροχοπτώσεων και πλευρικών εισροών είχε σημαντικότερες επιπτώσεις στον υδροφορέα. Τέλος, λόγω των μεγάλων υδάτινων αποθεμάτων που διαθέτει η εν λόγω περιοχή προτείνεται η εκπόνηση ενός γενικού σχεδίου για την ορθότερη διαχείριση και αξιοποίηση τους όπου θα μπορούσαν να καλύψουν σημαντικές υδρευτικές και αρδευτικές ανάγκες του Νομού.