Ιδρυματικό Αποθετήριο [SANDBOX]
Πολυτεχνείο Κρήτης
EN  |  EL

Αναζήτηση

Πλοήγηση

Ο Χώρος μου

Υλοποίηση σε αναδιατασσόμενη λογική του αλγορίθμου βιοπληροφορικής LISSOM

Kontos Nikolaos

Απλή Εγγραφή


URIhttp://purl.tuc.gr/dl/dias/A3467C83-D903-4B0F-A330-C74C555C680A-
Αναγνωριστικόhttps://doi.org/10.26233/heallink.tuc.69427-
Γλώσσαel-
Μέγεθος64 σελίδεςel
ΤίτλοςFPGA implementation of LISSOM bioalgorithmen
ΤίτλοςΥλοποίηση σε αναδιατασσόμενη λογική του αλγορίθμου βιοπληροφορικής LISSOMel
ΔημιουργόςKontos Nikolaosen
ΔημιουργόςΚοντος Νικολαοςel
Συντελεστής [Επιβλέπων Καθηγητής]Papaefstathiou Ioannisen
Συντελεστής [Επιβλέπων Καθηγητής]Παπαευσταθιου Ιωαννηςel
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Dollas Apostolosen
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Δολλας Αποστολοςel
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Manousaki Dafnien
Συντελεστής [Μέλος Εξεταστικής Επιτροπής]Μανουσακη Δαφνηel
ΕκδότηςΠολυτεχνείο Κρήτηςel
ΕκδότηςTechnical University of Creteen
Ακαδημαϊκή ΜονάδαTechnical University of Crete::School of Electrical and Computer Engineeringen
Ακαδημαϊκή ΜονάδαΠολυτεχνείο Κρήτης::Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστώνel
ΠεριγραφήΔιπλωματική Εργασίαel
ΠερίληψηΗ ανάπτυξη βιολογικών νευρωνικών μοντέλων αποτελεί ενδιαφέρον των ερευνητών εδώ και πολλά χρόνια. Στόχος είναι η καλύτερη κατανόηση του εγκεφάλου και των λειτουργιών του ώστε να μπορέσει να προσομοιωθεί με αρκετή ακρίβεια. Για αυτό τον λόγο αρκετά βιολογικά νευρωνικά μοντέλα έχουν αναπτυχθεί τα οποία καταφέρνουν να προσομοιώσουν σε μεγάλο βαθμό τον τρόπο επεξεργασίας και διάδοσης της πληροφορίας στα νευρωνικά δίκτυα. Η συγκεκριμένη διπλωματική εργασία στοχεύει στην μελέτη του βιο-αλγορίθμου LISSOM. Το συγκεκριμένο μοντέλο βασίζεται στην λειτουργία των αυτο-οργανωτικών χαρτών για να προσομοιώσει τις λειτουργίες των νευρώνων και συγκεκριμένα την περιοχή V1 του οπτικού φλοιού. Λόγο του μεγάλου όγκου δεδομένων που χαρακτηρίζει το συγκεκριμένο μοντέλο αποφασίσαμε να χρησιμοποιήσουμε τον υβριδικό υπερ-υπολογιστή της Convey ο οποίος βασίζεται σε αναδιατασσόμενη λογική. Με αυτό τον τρόπο ήταν δυνατό να αποθηκευτούν τα δεδομένα μας στην εξωτερική μνήμη που μας παρέχει το σύστημα με υψηλό εύρος ζώνης των ελεγκτών της. Ταυτόχρονα εποφελούμαστε και από την αναδιατασσόμενη λογική για την ταχύτερη επεξεργασία των δεδομένων μας. Συγκεκριμένα η σχεδίαση μας μπορεί να προσομοιώσει νευρωνικά δίκτυα μεγέθους μέχρι 192x192 νευρώνων. Το δίκτυο αποτελείται από δυο επίπεδα, την επιφάνεια του αμφιβληστροειδή, που λειτουργεί σαν είσοδος, και την περιοχή V1 και στηρίζεται σε δυο βασικές υποθέσεις: πως οι πλευρικές συνδέσεις είναι κυρίως ανασταλτικές σε μεγάλες αποστάσεις και διεγερτικές στις κοντινές και πως οι πλευρικές και οι εισάγων συνδέσεις προσαρμόζονται από τον ίδιο μηχανισμό Hebbian. Τέλος τα αποτελέσματα στις πειραματικές μετρήσεις που έγιναν σε μία Virtex-6 LX760 έδειξαν πως η σχεδίαση μας μπορεί να τρέξει 2 φορές γρηγορότερα από μια συμβατική GPU προσομοιώνοντας μάλιστα μεγαλύτερου μεγέθους νευρωνικά δίκτυα και 3 φορές γρηγορότερα από την υλοποίηση στο Software. Όμως δεν καταφέρνει να ξεπεράσει τις επιδόσεις μιας πολύ καλής GPU όπως η GTX980 που χρησιμοποιήθηκε για τις συγκεκριμένες μετρήσεις.el
ΤύποςΔιπλωματική Εργασίαel
ΤύποςDiploma Worken
Άδεια Χρήσηςhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/en
Ημερομηνία2017-10-02-
Ημερομηνία Δημοσίευσης2017-
Θεματική ΚατηγορίαΒιολογικά νευρωνικά μοντέλαel
Θεματική ΚατηγορίαFPGAen
Βιβλιογραφική ΑναφοράΝικόλαος Κοντός, "Υλοποίηση σε αναδιατασσόμενη λογική του αλγορίθμου βιοπληροφορικής LISSOM", Διπλωματική Εργασία, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης, Χανιά, Ελλάς, 2017el
Βιβλιογραφική ΑναφοράNikolaos Kontos, "FPGA implementation of LISSOM bioalgorithm", Diploma Work, School of Electrical and Computer Engineering, Technical University of Crete, Chania, Greece, 2017en

Διαθέσιμα αρχεία

Υπηρεσίες

Στατιστικά