Αναζήτηση

Πλοήγηση

• Κοινότητες
• Συγγραφείς
• Έτος
• Τίτλοι
• Θέματα

Ο Χώρος μου

• Είσοδος

Mέθοδοι διπλής κατηγοριοποίησης στην ανάλυση γονιδίων

Andritsou Dafni

Πλήρης Εγγραφή

---

Περίληψη

Οι μικροσυστοιχίες DNA αποτελούν μία από τις πιο διαδεδομένες πειραματικές μεθόδους ταυτόχρονης ανάλυσης του τρόπου έκφρασης χιλιάδων γονιδίων σε διαφορετικά δείγματα ή σε διαφορετικές συνθήκες. Το γεγονός αυτό τις καθιστά ιδανικό εργαλείο για την ανάλυση και μελέτη καρκινικών ιστών, με στόχο την εύρεση των μοριακών μηχανισμών που διέπουν την ογκογένεση σε διάφορους τύπους καρκίνου και την περαιτέρω κατανόηση της νόσου. Τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης αναπαρίστανται με τη μορφή πινάκων όπου οι γραμμές αντιστοιχούν σε γονίδια και οι στήλες σε διάφορες πειραματικές συνθήκες. Στόχος των διάφορων τεχνικών ομαδοποίησης αποτελεί η εξαγωγή σημαντικών βιολογικών πληροφοριών που αφορούν ομάδες γονίδιων κάτω από συγκεκριμένες συνθήκες. Στην παρούσα εργασία επιλέγεται η εφαρμογή της μεθόδου διπλής κατηγοριοποίησης δεδομένων γονιδιακής έκφρασης που προέρχονται από δείγματα κυτταρικών σειρών τεσσάρων τύπων καρκίνου - του μαστού, των ωοθηκών, του ενδομητρίου και του τραχήλου της μήτρας - συγκεντρωμένα σ’ έναν πίνακα δεδομένων. Η μεθοδολογία που προτάθηκε, περιλάμβανε την εφαρμογή του αλγορίθμου διπλής κατηγοριοποίησης των Cheng και Church, εφαρμόζοντας σε αυτόν μια σειρά βελτιώσεων ούτως ώστε να εξάγουμε ταυτόχρονα ομάδες γονιδίων με ομοιόμορφη συμπεριφορά αλλά και συγκεκριμένο εύρος τιμών. Ο αριθμός γονιδίων (ανιχνευτών) που περιείχε ο πίνακας, ανερχόταν σε 33096, γεγονός που έκανε την μελέτη και την ανάλυση της συμπεριφοράς των γονιδίων δύσκολη. Γι’ αυτό το λόγο, μειώσαμε το πλήθος των γονιδίων προς ανάλυση στα 1000 γονίδια ανά καρκινικό τύπο, καθώς επίσης, εστιάσαμε στην εξέταση των τριών πρώτων ομάδων διπλής κατηγοριοποίησης (Βiclusters) που προέκυπταν κάθε φορά. Με αυτή τη διπλή κατηγοριοποίηση υποχώρου δεδομένων, καταφέραμε να δημιουργήσουμε ομάδες γονιδίων οι οποίες εμφάνιζαν γονίδια με όμοια συμπεριφορά κατά μήκος των κυτταρικών σειρών και παράλληλα το εύρος των τιμών τους ήταν μικρό, κάνοντας έτσι τις ομάδες πιο συνεκτικές και ικανές να εξάγουν σημαντικές βιολογικές πληροφορίες, όπως η συμμετοχή των γονιδίων που τις απαρτίζουν σε συγκεκριμένες βιολογικές διεργασίες (π.χ. μεταβολισμός, βιοσύνθεση μακρομορίων, αναπαραγωγή) και εξειδικευμένα μοριακά μονοπάτια (π.χ. οξειδωτική φωσφορυλίωση, μεταφορά RNA, ενδοκύττωση).

Διαθέσιμα αρχεία

Υπηρεσίες