Οι Υδατοκαλλιέργειες μπορούν να είναι μία ιδιαίτερα επιζήμια δραστηριότητα για το περιβάλλον, αν συνδυαστούν με υπερεκμετάλλευση των φυσικών πόρων, κακή διαχείριση της διαδικασίας και απουσία συστημάτων επεξεργασίας των αποβλήτων τους. Στην παρούσα εργασία, έγινε μοντελοποίηση ενός βιοαντιδραστήρα προσκολλημένης βιομάζας ως προς τη δυνατότητά του να επεξεργαστεί υγρά απόβλητα υψηλής αλατότητας. Το μαθηματικό μοντέλο αναπτύχθηκε σε περιβάλλον MATLAB® και περιγράφει τη δυναμική των διεργασιών απομάκρυνσης της οργανικής ύλης και των θρεπτικών συστατικών στον υπό μελέτη βιοαντιδραστήρα, για διαφορετικές οργανικές φορτίσεις αποβλήτου. Στη συνέχεια, τροποποιώντας το μοντέλο έγινε διερεύνηση της απόδοσης του συστήματος επεξεργασίας υπό συνεχή τροφοδοσία φρέσκου αποβλήτου, έτσι ώστε να, εκτιμηθεί η καταλληλότητα εφαρμογής του σε πραγματική χερσαία μονάδας υδατοκαλλιέργειας.